白靈菇畸形菇的產生，降低了產品等級，甚至失去商品價值，影響了栽培者的經濟效益。
常見的畸形菇有：菌蓋緊抱不展“拳頭狀”，柄長肥粗蓋小“花瓶狀”，蓋凹陷邊裂外卷“破碗狀”，蓋窄長“牛舌狀”，蓋面斑點“麻臉狀”，蓋中瘤腫突起“脹腹狀”，兩蓋并展柄緊連“蝴蝶狀”，蓋彎曲不平“波邊狀”，蓋圓包裹菌褶收縮“光頭狀”，蓋面縱裂溝縫“花菇狀”，數菇并生“蓮花狀”。此外還有菇體萎縮形，菇體偏黃變色形等。畸形菇出現，究其原因歸納起來是培養環境條件與白靈菇生理特殊要求不相適應。關鍵在于出菇期溫、濕、光、氣協調不好，在管理技術上操作失誤等。
房棚結構不合理
現有白靈菇栽培場所，有室內菇房和野外菇棚。常因建造簡陋，結構不合理。有的菇房門窗單向，有的通風口開在墻體上半部，致使室內空氣不流通；有的塑料大棚兩旁雖設有通風口，但通風口都是朝著菌墻兩端；也有的雖然開有通風口，但只是為了保溫，始終沒打開。由于棚內空氣不流通，造成嚴重缺氧，致使好氣性的白靈菇畸形。
菌墻壘疊欠妥
菌袋進棚壘墻太高，即10袋一碼，超過1米；有的菌墻之間填入粘性土壤，不透氣；有的填土后燒水不足；有的菌墻碼垛過于密集，中間不填土；有的壘墻時，袋頭割膜不得法，入墻部分只割1/3，割得太少，而露外一端反而割膜，菌絲體露空不保濕，致使這些子實體生長發育受到抑制。比如北方菌袋疊墻，袋間填土水分不足，進入寒冬加溫催蕾時水分偏干，菌袋內的含水量反被填土吸收，使菌絲體脫水，出現菌蓋不展或萎縮狀態的畸形菇。而粘性土壤板結，透氣性差，對菌絲體不能起調節作用，反而阻礙正常的生理生殖活動。
先天性營養缺陷
有四種表現：一是配方中原輔料棉籽殼、麥皮陳年受潮霉變，養分降解。配方中含氮的麥用量偏少，菌絲生長前期無不良反應，到長菇期營養不能滿足需要。二是培養基酸敗。三是菌袋內水分蒸發，發菌絲體脫水。這些屬于先天性營養不良，所以產出的菇蓋薄，呈波邊狀，或產不展蓋、色偏黃不白的變異菇。
預產期把握不準
常因栽培者求菇心切，菌絲尚未生理成熟就人為催蕾，造成早產畸形。
催蕾技術不到位
菌絲生理成熟后還需要0～13℃低溫刺激10～15天，這期間還要進行5～7天的10℃以上溫差刺激，才能逼使原基發生分化成菇蕾。這是白靈菇與眾不同的一個特性。栽培者常因沒掌握這個獨特種性，而低溫蹲菌期不足，溫差刺激不夠，導致子實體發育受到抑制而變形。有的菇農在12月上旬進棚催蕾時，為了保溫，忽視通風，棚內嚴重缺氧，結果催出的菇柄長達20厘米，菇蓋緊握不展，盡是“拳頭菇”。
疏蕾未引起重視
有人看到菇蕾叢生喜出望外，明知菇蕾太密，舍不得摘掉。有人擔心摘一個蕾會連累其他；也有的雖疏蕾但留蕾太多。由于疏蕾不當，出菇互相擁擠，因此出現蝴蝶形、長牛舌狀、駝背菇等變異體態。
長菇期管理不善
菇蕾出現后逐步分化成子實體，在長菇期間常因溫、光、氣調節不好，導致菇體發育倚斜側長，或駝背或蓋面凹陷，或斑點麻臉、色變，以及采收過期，菇體超大，不符合等級。
